Научные исследования НИИ ГИДРОТЕХНИКИ И МЕЛИОРАЦИИ направлены на научное обоснование способов осушения, разработку конструкций осушительных и осушительно-увлажнительных систем, способов и методов освоения мелиорируемых земель, культуртехнических работ, механизации и автоматизации процессов проектирования, строительства, эксплуатации мелиоративных систем, их реконструкции, охрану окружающей среды от загрязнения дренажными водами, животноводческими стоками и другими отходами сельскохозяйственного производства.