ДНИИМФ проводит научно-исследовательские, проектно-изыскательские и конструкторско-технологические разработки в области развития и реконструкции морских портов, морских гидротехнических сооружений, судоремонта, проектирования новых судов и плавсредств, модернизации судов в эксплуатации.